虚拟筛选-10|虚拟筛选是如何发现抗HIV药物依非韦伦的
依非韦伦是首选的一线抗HIV病毒药物，属人免疫缺陷病毒–1 型(HIV-1)的选择性非核苷反转录酶抑制剂(NNRTIS)，通过非竞争性结合并抑制HIV-1逆转录酶(RT)活性，作用于模版、引物或三磷酸核苷，兼有小部分竞争性的抑制作用，从而阻止病毒转录和复制。适用于与其他抗病毒药物联合治疗HIV-1感染的成人、青少年及儿童。 虚拟筛选（Virtual...
虚拟筛选-9|ROCS用基于形状技术进行高效的虚拟筛选
在药物研发领域，如何从海量化合物中精准锁定潜在活性分子，始终是科研人员面临的核心挑战。传统基于序列或二维结构的筛选方法，常因忽略分子三维构象差异导致假阳性率高。而ROCS（Rapid Overlay of Chemical Structures）作为基于形状匹配的虚拟筛选标杆工具，通过小分子构象的三维空间精准比对，开启高效药物发现的新范式。本文将深入拆...
虚拟筛选-8|越大越好，还是小而美？
在虚拟筛选的世界里，一场关于 “规模” 的争论正在悄然上演。当云计算推动筛选规模突破数十亿分子时，有人惊呼 “越大越好”；但现实中，一些仅用数十万分子的小规模筛选却同样催生了临床候选药物。这场 “大象与麻雀” 的较量，究竟谁更胜一筹？本文结合 David E. Clark 教授的观点，带你看透虚拟筛选的规模逻辑。
虚拟筛选-7|虚拟筛选常用的化合物数据库
虚拟筛选如同一场“分子寻宝游戏”，而化合物数据库就是藏宝图。无论是药物研发、材料科学还是环境毒理研究，选对数据库能让你事半功倍。今天带你快速了解虚拟筛选中的六大核心化合物库及其使用场景。
虚拟筛选-6|虚拟筛选为何存在假阳性？
在虚拟筛选（Virtual Screening, VS）的世界里，算法看似能精准预测分子活性，但实际实验中却常出现 “预测有效，实测无效” 的尴尬局面 —— 这类 “假阳性” 结果如同隐藏的陷阱，困扰着药物研发人员。为什么计算机模拟会 “看走眼”？
虚拟筛选-5|虚拟筛选的评价指标
在虚拟筛选（Virtual Screening, VS）的 “数字战场” 上，如何判断筛选方法的优劣？就像导航需要罗盘，药物研发也需要一套科学的评价指标，来衡量筛选结果的可靠性与效率。
虚拟筛选-4|基于受体的虚拟筛选
在药物研发的精密战场上，精准识别分子与靶点的相互作用是关键。当已知靶点的三维结构时，基于受体的虚拟筛选（Structure-Based Virtual Screening, SBVS）如同一位 “结构解码师”，通过剖析受体（如蛋白质）的活性位点特征，从化合物数据库中筛选出能与之高效结合的分子。这种方法依托于 “锁钥原理”——分子与受体的空间结构和化学性...
虚拟筛选-3|基于配体的虚拟筛选
在药物研发的浩瀚海洋里，寻找一个能精准作用于靶点的分子，堪比 “大海捞针”。据估计，化学空间中可能存在超过 10的20次方种 “类药物” 分子，而目前已知的化合物仅约 3000 万种。传统的高通量筛选（HTS）虽然能测试数百万种化合物，但成本高昂，且难以覆盖整个化学空间。基于配体的虚拟筛选（Ligand-Based Virtual Screening,...
虚拟筛选-2|打分函数的概念及分类
你是否想过： 为什么虚拟筛选能在百万分子中快速锁定“潜力股”？ 为何同一靶点的不同筛选软件给出的“最佳分子”截然不同？
虚拟筛选-1| 虚拟？筛选？虚拟筛选？
你是否想过： 为什么新冠药物瑞德西韦能在2000万化合物中“闪电”锁定？ 为何抗癌药物研发成本高达数十亿，成功率却不足10%？ 传统实验室里堆积如山的化合物试管，何时才能被“数字筛子”替代？